底下所列為大日經中違反佛經處：
大日經卷一：
【祕密主！彼出世間心，住蘊中，有如是慧隨生。若於蘊等發起離著，當觀察聚沫浮泡芭蕉陽焰幻等，而得解脫。
謂蘊處界能執所執皆離法性。如是證寂然界，是名出世間心。】[(CBETA,T18,no.848,p.0003,b04-b08)]
大日經中說：「如是證寂然界，是名出世間心」，也就是說此『能住於湛寂境界中之覺知心』為出世間心。
能住於湛寂境界中之覺知心乃是意識，意識夜夜消失、世世斷滅並不是常住不滅的出世間心，因此以意識心為出世間心完全違背 佛說，故大日經乃偽經。
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大日經卷一：
【佛言菩提心為因。悲為根本。方便為究竟。祕密主云何菩提。謂如實知自心。
祕密主是阿耨多羅三藐三菩提。乃至彼法。少分無有可得。何以故。虛空相是菩提無知解者。亦無開曉。】[(CBETA,T18,no.848,p.0003,c01-c04)]
大日經中說：「虛空相是菩提」，把虛空的相貌當成了菩提，然而虛空是依於色的邊際，沒有色的地方說之為虛空，或色邊色，虛空並不是菩提。
大日經卷一：
【非天龍夜叉乾闥婆阿脩羅迦樓羅緊那羅摩(目侯)羅伽人非人趣同性。祕密主心不住眼界。不住耳鼻舌身意界。非見非顯現。何以故。虛空相心。離諸分別無分別。所以者何。性同虛空即同於心。性同於心即同菩提。】[(CBETA,T18,no.848,p.0001,c15-c18)]
大日經中說：「性同虛空即同於心」，認為心性是空無的，但是佛經中說：「自性不空」(註3)，因此「性同虛空」也違背 佛說。
註3：占察善惡業報經：「如來法身自性不空，有真實體，具足無量清淨功業，從無始世來自然圓滿，非修非作，乃至一切眾生身中亦皆具足。」
[(CBETA,T17,no.839,p.0910,a16-a19)]
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大日經卷一：
【如彼往昔如是修行者。觀察蘊阿賴耶。知自性如幻陽焰影響旋火輪乾闥婆城祕密主。彼如是捨無我。】[(CBETA,T18,no.848,p.0003,b11-b12)]
大日經中說：「觀察蘊阿賴耶。知自性如幻陽焰」，認為阿賴耶的自性如幻，但是佛經中說：「自性不空」(註3)，所以這也是違反佛說的。
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